Metsänjalostussäätiö perustettiin metsäalan organisaatioiden yhteistyönä vuonna 1947 käynnistämään metsäpuiden jalostustoimintaa Suomessa. Aluksi säätiön nimi oli Metsäpuiden rodunjalostussäätiö - Stiftelsen för rasförädling av skogsträd. Alkuvuosina Metsänjalostussäätiön toiminta keskittyi luonnonmetsissä tehtyyn metsänjalostuksen perusaineiston (ns. pluspuiden) valintaan ja perustui Metsäteollisuusyhtiöiltä ja metsäalan eri organisaatioilta saatuihin kannatusjäsenmaksuihin. 1960-luvun alussa säätiön pääasialliseksi rahoituslähteeksi muotoutui valtiolta vuosittain saatu säännöllinen toiminta-avustus.
Metsänjalostussäätiön toiminta suurehkona laitossäätiönä ja valtionapulaitoksena jatkui vuoden 1999 loppuun, jolloin valtion budjettirahoitus käytännön metsänjalostustoimintaan keskitettiin Metsäntutkimuslaitokseen. Samalla metsänjalostussäätiön henkilökunta ja kaikki toiminnot siirtyivät Metsäntutkimuslaitokseen. Edelleen Metsänjalostussäätiö luovutti Metsäntutkimuslaitokselle kaiken omaisuutensa, jota tarvittiin välittömästi toiminnan jatkamisessa. Tässä yhteydessä Metsänjalostussäätiölle jäi vielä jonkin verran sijoitus- ja kiinteistöomaisuutta, minkä turvin se päätti jatkaa toimintaansa metsänjalostusalan aatteellisena tuki- ja edistämissäätiönä.